Der Name Noicattaro ist eine Erfindung des neunzehnten Jahrhunderts, und noch dazu aus zwei Teilen zusammengesetzt. Bis 1862 hieß der Ort schlicht Noja, doch dieser Name gehörte auch einer Gemeinde in der Basilikata, und um Verwechslungen zu vermeiden, suchten die Leute von Noja einen neuen: Sie fanden ihn in der mündlichen Überlieferung, die an ein altes, sagenhaftes Land am Meer namens Cattaro pugliese erinnerte, und verschmolzen beide Namen. Bis heute jedoch sagt man im örtlichen Dialekt Nào, und die Bewohner nennen sich weiterhin nojani. Der eigentliche Ort entstand zwischen dem elften und zwölften Jahrhundert als befestigte Siedlung um einen Lehnsturm, vielleicht als Zuflucht für Überlebende von Küstensiedlungen, die sarazenische Räuber zerstört hatten; sein erster Herr war ein Normanne, ein Neffe Roberts Guiskard, und 1592 ging das Lehen an die Carafa über, die den Herzogstitel bis zur Abschaffung der Feudalherrschaft hielten.
Am dreiundzwanzigsten November 1815 starb ein Gärtner namens Liborio Didonna: Er war das erste Opfer einer Beulenpestepidemie, die als die letzte große Westeuropas in die Geschichte eingehen sollte. Der Ort wurde isoliert, indem ein riesiger Graben jenseits seiner Grenzen ausgehoben wurde, und als die Ansteckung endete, zählte man fast achthundert Tote von fünftausend Einwohnern. Vielleicht unter spanischem Einfluss hatte sich unterdessen über die Jahrhunderte eine Tradition der Fastenbuße und Geißelung verfestigt, die in den Riten der Karwoche noch heute lebt. Heute dreht sich die Altstadt um die Chiesa Madre, apulische Romanik aus dem zwölften und dreizehnten Jahrhundert, und um barocke Bauten wie die Kirchen del Carmine und della Madonna della Lama.