Schutzpatron von San Giovanni in Galdo ist der heilige Johannes der Täufer, gefeiert am 29. August. Das alte Dorf wuchs eben um die ihm geweihte Kirche herum, von der einige Teile der Außenmauern erhalten sind, heute in den neuen Bau des Rathauses eingegliedert; erst zwischen dem 9. und 10. Jahrhundert, mit der Besiedlung der höher gelegenen Gebietsteile, begann sich der Ort um die alte Kirche und die Burg herum zu formen, sodass im 11. Jahrhundert bereits San Giovanni in Galdo als castrum, befestigte Siedlung, belegt ist.
Im alten Ortskern ist neben der Kirche San Giovanni Battista noch der alte Abtspalast, Palazzo Ruffo, sichtbar, zusammen mit dem für viele molisanische historische Ortskerne typischen kleinteiligen Baugefüge. Die frühesten Siedlungsspuren im Gemeindegebiet reichen jedoch bis ins 2. Jahrhundert v. Chr. zurück, als auf dem Colle Rimontato, nahe der heutigen Siedlung, ein kleiner italisch-samnitischer Tempel errichtet wurde, dessen Überreste noch heute auszumachen sind.
