Il patrono di San Giovanni in Galdo è san Giovanni Battista, festeggiato il 29 agosto. L'antico borgo si è accresciuto proprio intorno alla chiesa a lui dedicata, di cui sono rimaste alcune parti delle mura perimetrali, oggi incorporate nella nuova struttura della casa municipale; solo tra il IX e il X secolo, con l'occupazione delle parti più alte del territorio, il paese ha cominciato a conformarsi intorno all'antica chiesa e al castello, tanto che nell'XI secolo si ha già testimonianza di San Giovanni in Galdo come castrum, insediamento fortificato.
Nel borgo antico, oltre alla chiesa di San Giovanni Battista, resta ancora visibile l'antico palazzo abbaziale, Palazzo Ruffo, insieme a un tessuto edilizio minuto caratteristico di molti centri storici molisani. Le prime tracce di un insediamento nel territorio comunale risalgono però al II secolo a.C., quando sul Colle Rimontato, presso l'attuale centro abitato, fu costruito un tempietto italico sannita, di cui è ancora oggi possibile individuare i resti.
