El patrón de San Giovanni in Galdo es san Juan Bautista, festejado el 29 de agosto. El antiguo pueblo creció precisamente en torno a la iglesia a él dedicada, de la que quedan algunas partes de las murallas perimetrales, hoy incorporadas a la nueva estructura del ayuntamiento; solo entre los siglos IX y X, con la ocupación de las partes más altas del territorio, el pueblo comenzó a conformarse en torno a la antigua iglesia y al castillo, hasta el punto de que en el siglo XI ya hay constancia de San Giovanni in Galdo como castrum, asentamiento fortificado.
En el casco antiguo, además de la iglesia de San Giovanni Battista, todavía es visible el antiguo palacio abacial, Palazzo Ruffo, junto con un tejido urbano de pequeña escala característico de muchos centros históricos molisanos. Los primeros rastros de asentamiento en el territorio municipal se remontan, sin embargo, al siglo II a. C., cuando en el Colle Rimontato, cerca del núcleo actual, se construyó un pequeño templo itálico samnita, cuyos restos todavía hoy pueden identificarse.
