Schutzpatrone von Caravaggio sind die heiligen Fermo und Rustico, gefeiert am 9. August in der ihnen geweihten Kirche.
Der katholischen Überlieferung nach erschien am 26. Mai 1432 in der die Stadt umgebenden Landschaft die Muttergottes, seither als Santa Maria del Fonte oder Unsere Liebe Frau von Caravaggio verehrt: An dieser Stelle entstand das große Heiligtum, Ziel der Verehrung auch in anderen Ländern, darunter die brasilianische Stadt Farroupilha, wo sich der größte ihr geweihte Marientempel befindet. 1962 erklärte Bischof Danio Bolognini sie zur Mitpatronin der Diözesangemeinschaft von Cremona. Die Stadt bewahrt zudem das Kloster San Bernardino und den Bogen von Porta Nuova.