Schutzpatron von San Giovanni Lupatoto ist der heilige Johannes der Täufer, gefeiert am 24. Juni in der ihm geweihten Kirche.
Das Gemeindegebiet bewahrt zudem das Heiligtum der Madonna dello Staffalo, auch als Heiligtum der Madonna dello Staffalo der Mauren oder der Deutschen bekannt, sowie die Kirche des Ortsteils Sorio. Die Stadt trägt einen Teil ihres Namens vom Patron, während die Bezeichnung „Lupatoto“ an die alten Ursprünge erinnert, die mit dem Vorkommen von Wölfen im umliegenden Sumpfgebiet verbunden sind.
