Le saint patron de San Giovanni Lupatoto est saint Jean-Baptiste, fêté le 24 juin dans l'église qui lui est dédiée.
Le territoire communal conserve aussi le sanctuaire de la Madone dello Staffalo, également connu comme sanctuaire de la Madone dello Staffalo des Maures ou des Allemands, et l'église du hameau de Sorio. La ville tire une partie de son nom de son patron, tandis que le qualificatif « Lupatoto » rappelle les origines anciennes liées à la présence de loups dans la zone marécageuse environnante.
