El patrono de San Giovanni Lupatoto es san Juan Bautista, festejado el 24 de junio en la iglesia a él dedicada.
El territorio municipal conserva también el Santuario de la Virgen del Staffalo, conocido también como Santuario de la Virgen del Staffalo de los Moros o de los Alemanes, y la iglesia de la pedanía de Sorio. La ciudad toma parte de su nombre del patrono, mientras que el apelativo «Lupatoto» recuerda los antiguos orígenes ligados a la presencia de lobos en la zona pantanosa circundante.
