Il patrono di San Giovanni Lupatoto è san Giovanni Battista, festeggiato il 24 giugno nella chiesa a lui intitolata.
Il territorio comunale conserva anche il Santuario della Madonna dello Staffalo, noto pure come Santuario della Madonna dello Staffalo dei Mori o dei Tedeschi, e la chiesa della frazione di Sorio. La città prende parte del proprio nome dal patrono, mentre l'appellativo «Lupatoto» ricorda le antiche origini legate alla presenza di lupi nella zona paludosa circostante.