Drei Jahrhunderte lang gehörte Valganna einem Krankenhaus. Die Abtei San Gemolo, 1095 in Ganna gegründet, war überaus mächtig: Sie besaß Güter im ganzen Norden des Varesotto und kontrollierte die Burg von Frascarolo. Im Jahr 1556 hob der Heilige Stuhl ihre weltliche Macht auf und übertrug Güter und Rechte dem Ospedale Maggiore in Mailand, das von da an der Herr des Ortes war. Die Abtei war im Übrigen aus einem Mord hervorgegangen: Der Überlieferung nach wurde hier Ende des zehnten Jahrhunderts der heilige Gemolus getötet, nachdem er zusammen mit dem heiligen Imerius von Bosto den Räubern nachgesetzt hatte, die die Karawane ausgeraubt hatten, mit der er reiste — Räuber aus dem Seprio, die die Pässe zwischen der Schweiz und Mailand beherrschten. Sein Leichnam wurde dort begraben, wo später die Abtei entstand.
Im Wappen, 1995 verliehen, stehen vier Tannen und ein Glockenturm: Die Tannen sind die vier Ortsteile — Ganna, Ghirla, Boarezzo und Mondonico — und der Glockenturm ist der der Abtei, die sie alle schützt. Die Gemeinde hat zwei Seen, einen je Ortsteil: den von Ghirla, viel besucht, und den kleineren von Ganna, der mit seinen Schilfufern natürlich geblieben ist. Im Winter ist es so kalt, dass man diesen Ort das kleine Sibirien des Varesotto nennt. Und aus diesem Tal kamen zwei Bildhauer: Odoardo Tabacchi, geboren 1836, und Giuseppe Grandi, geboren 1843, einer der Hauptnamen der lombardischen Scapigliatura.