Schutzpatron von Gallipoli ist der heilige Sebastian, gefeiert am 20. Januar: Der Ort verehrt ihn zusammen mit der heiligen Agatha, beide als Patrone Gallipolis bezeichnet, deren silberne Büsten im städtischen Diözesanmuseum aufbewahrt werden, seit 2004 geöffnet und reich an Gemälden, Schätzen und kirchlichen Gewändern des 17. und 18. Jahrhunderts. Ihre Steinstatuen zieren zusammen mit denen des heiligen Faustus, der heiligen Marina und der heiligen Teresa von Ávila auch die Nischen der Konkathedralbasilika Sant'Agata, einem barocken Bau des 17. Jahrhunderts in Kreuzform, errichtet an der Stelle einer romanischen, dem heiligen Johannes Chrysostomus geweihten Kapelle, am höchsten und zentralsten Punkt der Insel, auf der die Altstadt liegt.
Gallipoli verehrt mit besonderer Intensität auch die heilige Christina von Bolsena, deren Statue in einer kleinen, 1607 erbauten Kirche nahe dem Fischereihafen aufbewahrt wird: Der Legende nach befreite sie den Ort von der Cholera-Epidemie, die ihn 1867 heimsuchte, weshalb ihr jedes Jahr feierliche Festlichkeiten gewidmet werden. 1741 gründete König Karl von Bourbon von Neapel in Gallipoli das Consolato di Mare, ein maritimes Gericht zur Regelung des Hafenhandels, gefolgt 1765 von der Gründung der Fiera del Canneto.
