Le saint patron de Gallipoli est saint Sébastien, fêté le 20 janvier : la ville le vénère avec sainte Agathe, toutes deux désignées comme patronnes gallipolitaines, dont les bustes en argent sont conservés au musée diocésain de la ville, ouvert depuis 2004 et riche en tableaux, trésors et parements ecclésiastiques des XVIIe et XVIIIe siècles. Leurs statues de pierre, avec celles de saint Faust, sainte Marina et sainte Thérèse d'Avila, ornent aussi les niches de la basilique co-cathédrale Sant'Agata, édifice baroque du XVIIe siècle en croix latine, construit sur le site d'une petite église romane dédiée à saint Jean Chrysostome, au point le plus haut et le plus central de l'île sur laquelle s'élève la vieille ville.
Gallipoli vénère aussi avec une intensité particulière sainte Christine de Bolsène, dont la statue est conservée dans une petite église près du port de pêche, construite en 1607 : selon la légende, ce serait elle qui délivra la ville de l'épidémie de choléra qui la frappa en 1867, raison pour laquelle des festivités solennelles lui sont organisées chaque année. En 1741, le roi de Naples Charles de Bourbon institua à Gallipoli le Consolato di Mare, magistrature maritime réglementant le commerce portuaire, suivie en 1765 de l'institution de la Fiera del Canneto.
