Il patrono di Gallipoli è san Sebastiano, festeggiato il 20 gennaio: la città lo venera insieme a sant'Agata, entrambi indicati come patroni gallipolini, i cui busti argentei sono custoditi nel museo diocesano cittadino, aperto dal 2004 e ricco di dipinti, tesori e paramenti ecclesiastici dei secoli XVII e XVIII. Le loro statue in pietra, insieme a quelle di san Fausto, santa Marina e santa Teresa d'Avila, ornano anche le nicchie della basilica concattedrale di Sant'Agata, costruzione barocca del Seicento a croce latina, edificata sul luogo di una chiesetta romanica dedicata a San Giovanni Crisostomo, nel punto più alto e centrale dell'isola su cui sorge la città vecchia.
Gallipoli venera con particolare intensità anche santa Cristina di Bolsena, la cui statua è custodita in una chiesetta presso il porto peschereccio, costruita nel 1607: secondo la leggenda, fu proprio lei a liberare la città dall'epidemia di colera che la colpì nel 1867, motivo per cui ogni anno le si organizzano solenni festeggiamenti. Nel 1741 il re di Napoli Carlo di Borbone istituì a Gallipoli il Consolato di Mare, magistratura marittima che disciplinava il commercio portuale, seguito nel 1765 dall'istituzione della Fiera del Canneto.
