El patrono de Gallipoli es san Sebastián, festejado el 20 de enero: la ciudad lo venera junto con santa Águeda, ambos designados patronos de Gallipoli, cuyos bustos de plata se custodian en el museo diocesano de la ciudad, abierto desde 2004 y rico en cuadros, tesoros y ornamentos eclesiásticos de los siglos XVII y XVIII. Sus estatuas de piedra, junto con las de san Fausto, santa Marina y santa Teresa de Ávila, adornan también los nichos de la basílica concatedral de Sant'Agata, construcción barroca del siglo XVII de cruz latina, edificada sobre el emplazamiento de una capilla románica dedicada a san Juan Crisóstomo, en el punto más alto y central de la isla sobre la que se alza el casco antiguo.
Gallipoli venera también con especial intensidad a santa Cristina de Bolsena, cuya estatua se custodia en una pequeña iglesia junto al puerto pesquero, construida en 1607: según la leyenda, fue ella quien liberó a la ciudad de la epidemia de cólera que la azotó en 1867, motivo por el cual cada año se le organizan solemnes festejos. En 1741 el rey de Nápoles Carlos de Borbón instituyó en Gallipoli el Consolato di Mare, magistratura marítima que regulaba el comercio portuario, seguida en 1765 por la institución de la Fiera del Canneto.
