Il patrono di San Colombano Certenoli è san Colombano, festeggiato il 23 novembre, che dà il nome al comune insieme alla frazione di Certenoli, mentre la sede comunale si trova nella frazione di Aveggio. Il territorio è citato già nel X secolo in alcuni documenti dell'abbazia di San Colombano di Bobbio, dove viene espressamente nominato come cella monastica con il primo nome di Bembelia, insieme ad altre celle come Scaona, Monte, Vinealis, Romalio e Plecherio: divenne poi feudo dei conti Fieschi di Lavagna dal 1171.
Il paese conserva numerose chiese storiche nelle sue frazioni, fra cui quella di Santa Maria Assunta a Certenoli, quella della Santissima Trinità ad Aveggio, edificata nel XIX secolo, e quella di San Maurizio a Baranzuolo, la cui costruzione risalirebbe al 1762. Con i nuovi ordinamenti francesi, dal 1798 San Colombano rientrò nel IV cantone della giurisdizione dell'Entella, e nel 1805 assorbì le frazioni di Celesia e Cichero dal comune di Orero: il Ponte di Celesia testimonia ancora oggi questa storia.
