Le saint patron de San Colombano Certenoli est saint Colomban, fêté le 23 novembre, qui donne son nom à la commune avec le hameau de Certenoli, tandis que le siège communal se trouve dans le hameau d'Aveggio. Le territoire est mentionné dès le Xe siècle dans certains documents de l'abbaye de San Colombano di Bobbio, où il est expressément cité comme cellule monastique sous son premier nom, Bembelia, aux côtés d'autres cellules comme Scaona, Monte, Vinealis, Romalio et Plecherio : il devint ensuite fief des comtes Fieschi de Lavagna dès 1171.
Le bourg conserve de nombreuses églises historiques dans ses hameaux, dont celle de Santa Maria Assunta à Certenoli, celle de la Très Sainte Trinité à Aveggio, édifiée au XIXe siècle, et celle de San Maurizio à Baranzuolo, dont la construction remonterait à 1762. Avec la nouvelle administration française, San Colombano fit dès 1798 partie du IVe canton de la juridiction de l'Entella, et en 1805 il absorba les hameaux de Celesia et Cichero de la commune d'Orero : le Ponte di Celesia témoigne encore aujourd'hui de cette histoire.
