Patroni di Varallo Pombia sono i santi Vincenzo e Anastasio, festeggiati il primo martedì dopo Pasqua nella Chiesa dei Santi Vincenzo e Anastasio.
Compatrona è sant'Anna, festeggiata il 26 luglio con una processione per le vie del paese in cui viene portata la statua della santa. Il primo sabato di settembre si tiene inoltre il pellegrinaggio votivo al Sacro Monte di Varese. Il territorio comunale conserva anche il Santuario della Madonna del Rosario e la Chiesa della Santissima Trinità.