I patroni di San Marco d'Alunzio sono san Marco e san Nicola, festeggiati il 31 luglio con la festa dei Santi Patroni. Il calendario religioso del paese è fitto tutto l'anno: la terza domenica di gennaio si tiene la festa di Sant'Antonio abate con la benedizione degli animali, l'ultimo venerdì di marzo la festa del Crocifisso di Aracoeli con la processione degli incappucciati Babbaluti, e il 2 giugno una giornata medievale.
Due giorni dopo la festa patronale, il 2 agosto, si celebra san Basilio con una caratteristica processione avanti e indietro accompagnata da torce di basilico, mentre il 15 agosto si tiene il palio dell'Assunta, con sfilata di costumi medievali. Il periodo natalizio è animato dalla tradizionale novena. Il paese conserva numerose chiese storiche, fra cui quella di San Nicolò, di Santa Maria Aracoeli, di Sant'Antonio Abate e del Santissimo Salvatore, oltre al Castello di San Marco d'Alunzio.