Von 1912 bis 1927 hieß der Ort nur Persiceto: Man hatte ihm aus antiklerikalem Geist den Heiligen genommen und später zurückgegeben. Der volle Name verbindet den heiligen Johannes den Täufer mit persicetum, einem Pfirsichhain, eben jenem Obstgarten, der hier vor allem anderen stand. Das Herz der Stadt ist der Borgo Rotondo, ein Ring von Häusern, der auf die Langobarden zurückgeht: König Liutprand durchbrach hier um 727 die byzantinische Verteidigungslinie, und im Jahr darauf schuf er das Herzogtum Persiceto. Im fünfzehnten Jahrhundert jedoch lehnten sich die Persicetaner so oft gegen Bologna auf, dass der Große Rat von Bologna beschloss, die äußeren Ortsteile dem Erdboden gleichzumachen: Die Zerstörung kam erst 1481, unter Giovanni II. Bentivoglio, und von da an behielt die Burg die Form, die sie beinahe vier Jahrhunderte lang fast unverändert bewahrte.
Seit dem sechzehnten Jahrhundert besteht die Partecipanza agraria, das Gemeindeland, das alle neun Jahre unter den Nachkommen der alten Familien neu verteilt wird. Im neunzehnten Jahrhundert wurden aus den Werkstätten der Nagelschmiede Fabriken für eiserne Betten und Möbel, die über ganz Europa exportiert wurden, und der Ort erhielt den Beinamen kleines Manchester Emilias; am siebten Januar 1869 lehnten sich die Bauern gegen die Mahlsteuer auf, und 1904 wurde hier der erste sozialistische Abgeordnete der Gegend gewählt. Der Bauernkampf der Nachkriegszeit gipfelte im April 1920 im Massaker von Decima, als die Carabinieri auf Demonstranten schossen. Seit 1874 führt jeden Februar der historische Karneval von Persiceto Bertoldo mit sich, den schlauen Bauern aus den Erzählungen des Giulio Cesare Croce.