San Secondo liegt dort, wo einst der Fluss verlief. Der heutige Ort wurde erst zwischen dem vierzehnten und dem fünfzehnten Jahrhundert gegründet, denn die Stelle, die er einnimmt, war damals vom Lauf des Taro besetzt: der Altarm mit seinen Mäandern ist südlich des Orts noch deutlich zu sehen und durchquert den Hauptort selbst. Die erste Siedlung lag anderswo, wahrscheinlich einen Kilometer weiter nördlich und nach Westen verschoben, und von dort stammen die Funde: gegen Ende des neunzehnten Jahrhunderts entdeckte Luigi Pigorini in der Flur Copezzato eine Terramare-Siedlung der Bronzezeit, und 1973 kam am Rand einer Grube in zweieinhalb Metern Tiefe zufällig ein tönernes Aschengefäß mit Schmuck und einer Münze zutage, ein römischer As, um 150 vor Christus zu datieren; weitere Urnen aus späterer römischer Zeit folgten. Gräber verschiedener Zeiten am selben Ort bedeuten, dass die Besiedlung nie abgerissen war. Der Fund liegt überdies nahe der Römerstraße, die ins Cremonesische führte und deren Trasse noch heute Straße ist und den alten Kern als via Garibaldi durchquert.
Der Name kommt von einer kleinen Kirche, zwischen dem achten und dem neunten Jahrhundert gebaut und dem heiligen Secondo von Asti geweiht. Und das erste Mal, dass jener Name in einer Urkunde erscheint, meint er kein Dorf, sondern ein Gewässer: 894 nennt ein Diplom des Königs Arnulf von Kärnten, das die Besitzungen des Domkapitels von Parma aufzählt, einen «Lacum Sancti Secundi» — den See von San Secondo, der vielleicht ein Sumpf war, gespeist vom allmählich versandenden Bett des Taro. Das Gebiet ist völlig eben und auf drei Seiten von Wasser begrenzt: der Taro im Osten, der Stirone im Norden, die Rovacchia im Westen. Und eines dieser Gewässer ist seit zweitausend Jahren eine Grenze: der Graben Scannabecco, der westlich des Orts fließt, bezeichnete in römischer Kaiserzeit die zenturiale Trennung zwischen den municipia von Parma und Fidentia. Die Gemeinde hieß bis 1862 schlicht San Secondo.