San Secondo se tient là où passait autrefois le fleuve. Le village d'aujourd'hui ne fut fondé qu'entre le quatorzième et le quinzième siècle, parce que la position qu'il occupe était alors occupée par le cours du Taro: le paléochenal, avec ses méandres, se voit encore clairement au sud de l'agglomération et traverse le chef-lieu lui-même. Le premier noyau habité se trouvait ailleurs, probablement un kilomètre plus au nord et décalé à l'ouest, et c'est de là que viennent les trouvailles: à la fin du dix-neuvième siècle Luigi Pigorini repéra au lieu-dit Copezzato un habitat de terramare de l'âge du bronze, et en 1973, au bord d'une carrière, à deux mètres et demi de profondeur, sortit par hasard un vase cinéraire en terre cuite avec des bijoux et une monnaie, un as romain datable d'environ 150 avant Jésus-Christ; d'autres urnes, d'époque romaine plus tardive, apparurent ensuite. Des tombes de périodes différentes au même endroit veulent dire que la colonisation ne s'était jamais interrompue. La trouvaille, de plus, est à faible distance de la route romaine qui menait vers le Crémonais, dont le tracé est encore aujourd'hui une chaussée et traverse le centre ancien sous le nom de via Garibaldi.
Le nom vient d'une petite église bâtie entre le huitième et le neuvième siècle et dédiée à saint Second d'Asti. Et la première fois que ce nom apparaît dans un document, il ne désigne pas un village mais une étendue d'eau: en 894 un diplôme du roi Arnulf de Carinthie, énumérant les possessions du Chapitre de la cathédrale de Parme, cite un «Lacum Sancti Secundi» — le lac de San Secondo, qui était peut-être un marais alimenté par le lit du Taro à mesure qu'il s'ensablait. Le territoire est entièrement plat et délimité sur trois côtés par des eaux: le Taro à l'est, le Stirone au nord, la Rovacchia à l'ouest. Et l'une de ces eaux fait frontière depuis deux mille ans: le fossé Scannabecco, qui coule à l'ouest du village, marquait à l'époque romaine impériale la division centuriale entre les municipes de Parme et de Fidentia. La commune s'appelait simplement San Secondo jusqu'en 1862.