San Secondo está donde antes pasaba el río. El pueblo de hoy se fundó solamente entre el trescientos y el cuatrocientos, porque la posición que ocupa estaba entonces ocupada por el curso del Taro: el paleocauce, con su trazado de meandros, se ve todavía claramente al sur del casco y atraviesa la propia cabecera. El primer núcleo habitado estaba en otro sitio, probablemente un kilómetro más al norte y desplazado al oeste, y de allí vienen los hallazgos: a finales del ochocientos Luigi Pigorini localizó en el paraje de Copezzato un poblado de terramare de la edad del bronce, y en 1973, al borde de una cantera, a dos metros y medio de profundidad, salió por casualidad un vaso cinerario de barro cocido con joyas y una moneda, un as romano datable hacia el 150 antes de Cristo; otras urnas, de época romana más tardía, salieron después. Tumbas de periodos distintos en el mismo sitio quieren decir que la colonización nunca se había interrumpido. El hallazgo, además, está a poca distancia de la calzada romana que llevaba hacia el Cremonés, cuyo trazado sigue siendo hoy carretera y atraviesa el casco antiguo con el nombre de via Garibaldi.
El nombre viene de una iglesita construida entre el siglo octavo y el noveno y dedicada a san Secondo de Asti. Y la primera vez que ese nombre aparece en un documento no indica un pueblo, sino una lámina de agua: en el 894 un diploma del rey Arnulfo de Carintia, que enumera las posesiones del Cabildo de la catedral de Parma, cita un «Lacum Sancti Secundi» — el lago de San Secondo, que era quizá una marisma alimentada por el cauce del Taro a medida que se cegaba. El territorio es todo llano y está delimitado en tres lados por aguas: el Taro al este, el Stirone al norte, el Rovacchia al oeste. Y una de esas aguas hace de frontera desde hace dos mil años: la acequia Scannabecco, que corre al oeste del pueblo, en época romana imperial señalaba la división centuriada entre los municipios de Parma y de Fidentia. El municipio se llamaba sencillamente San Secondo hasta 1862.