Die älteste Urkunde, die diesen Ort nennt, ist ein Pergament vom ersten Februar 919, mit dem der Erzbischof von Ravenna gewisse Ländereien «in den Gütern von Cotoniola» verlieh. Woher jener Name kommt, darauf laufen die Vermutungen bei einer Frucht zusammen: der Quitte, die hier besonders gut gedieh, so sehr, dass die Gemeinde sie als Sinnbild übernahm. Doch es gibt einen zweiten Weg, der zu derselben Frucht führt: 1274 errichteten die Leute von Forlì hier auf Bitten Faenzas eine neue Festung und warben die Mannschaft an, indem sie Männer aus Forlì nahmen, «zum größten Teil aus dem Borgo de Cotogni geholt» — und deshalb hieß die Burg Cotogniola. Im Wappen ist der Quittenbaum ein redendes Zeichen, und er war auch das Familienwappen des hier geborenen Muzio Attendolo Sforza; der Löwe kam durch kaiserliche Verleihung hinzu, und die Helmzier hält einen Goldring mit einem spitz geschliffenen blauen Diamanten, geschenkt vom Markgrafen Niccolò dem Dritten d'Este für die Verdienste, die der Hauptmann in seinem Dienst erwarb.
Jener Hauptmann machte Karriere: er erlangte für seinen Geburtsort den Grafentitel, und bei seinem Tod gingen die Güter an seinen Sohn Francesco Sforza über, der Herzog von Mailand werden sollte — so kam die Grafschaft Cotignola unter die Besitzungen des Mailänder Fürsten, und später verliehen ihr die Sforza auch den Titel einer Stadt. Dann, nachdem die Franzosen die Sforza vertrieben hatten, geschah etwas Eigentümliches: 1502 schenkte der König von Frankreich, der die Ehe zwischen Lucrezia Borgia und Herzog Alfonso d'Este vermittelt hatte, Cotignola den Este als Belohnung dafür, dass sie sich mit den Borgia verschwägert hatten. Der Ort wechselte den Herrn als Hochzeitsgeschenk. Viereinhalb Jahrhunderte später, im Winter 1944, blieb die Front sechs Monate lang am Fluss Senio stehen, und die alliierten Bombardements legten achtzig Prozent der Gebäude nieder: die zivilen Opfer waren zweihundertsiebzig bei etwa siebentausend Einwohnern. Die Bombardierungen beendeten im April 1945 zwei Männer: Leno Casadio, ein Partisanenführer, und don Stefano Casadio, Priester und Militärkaplan, die gemeinsam den Senio überquerten, eine weiße Fahne hissten und allein das alliierte Lager erreichten, um zu erklären, dass die wenigen verbliebenen Deutschen bereits von den Partisanen gefangen genommen worden waren. Die Stadt wurde danach unter Wahrung des früheren Stadtgrundrisses wieder aufgebaut.