Le document le plus ancien qui nomme ce lieu est un parchemin du premier février 919, par lequel l'archevêque de Ravenne concédait certaines terres situées «dans les fonds de Cotoniola». D'où vienne ce nom, les hypothèses convergent vers un fruit: le coing, qui prenait particulièrement bien ici, au point que la commune l'a adopté comme emblème. Mais il y a une seconde route qui mène au même fruit: en 1274 les gens de Forlì bâtirent ici un nouveau fortin à la demande de Faenza, et recrutèrent la troupe en prenant des hommes de Forlì «tirés pour la plupart du Borgo de Cotogni» — et c'est pour cela que le château fut appelé Cotogniola. Sur le blason le cognassier est une arme parlante, et c'était aussi l'arme de famille de Muzio Attendolo Sforza, qui était né ici; le lion fut ajouté par concession impériale, et le cimier tient un anneau d'or avec un diamant bleu taillé en pointe, offert par le marquis Niccolò trois d'Este pour les mérites que le capitaine eut à son service.
Ce capitaine fit carrière: il obtint pour son bourg natal le titre de comté, et à sa mort les biens passèrent à son fils Francesco Sforza, qui allait devenir duc de Milan — ainsi le comté de Cotignola se retrouva parmi les possessions du prince milanais, et plus tard les Sforza lui donnèrent aussi le titre de cité. Puis, les Sforza chassés par les Français, il arriva une chose singulière: en 1502 le roi de France, qui avait patronné le mariage entre Lucrèce Borgia et le duc Alfonso d'Este, offrit Cotignola aux Este en récompense de s'être apparentés aux Borgia. Le bourg changea de maître comme cadeau de noces. Quatre siècles et demi plus tard, dans l'hiver 1944, le front s'arrêta six mois sur la rivière Senio, et les bombardements alliés rasèrent quatre-vingts pour cent des bâtiments: les victimes civiles furent deux cent soixante-dix sur environ sept mille habitants. Ce qui arrêta les bombardements, en avril 1945, ce furent deux hommes: Leno Casadio, chef partisan, et don Stefano Casadio, prêtre et aumônier militaire, qui traversèrent ensemble le Senio, levèrent un drapeau blanc et gagnèrent seuls le camp allié pour expliquer que les quelques Allemands restants avaient déjà été faits prisonniers par les partisans. La ville fut ensuite rebâtie en respectant le plan urbain qu'elle avait avant.