Bis 1862 hieß der Ort Agnone, und über den Sinn dieses Namens wird noch gestritten: für die einen kommt er von agnus, dem Ort, wo man die Lämmer weidete, für die anderen von vagni, der Mundartform von bagni, also vom lateinischen balneum. Das königliche Dekret vom 9. November 1862 taufte ihn Villa Latina, und die Wahl fiel entschieden auf die Bäder: der neue Name erinnert an die alte Thermenvilla, in der die Römer zur Sommerfrische kamen, und an die Wasserleitung, die sie versorgte. Die Siedlung wurde um 744 unter dem Namen Anglone errichtet, an einem Ort, der Lager der Samniten gewesen war, die der Schlacht von Aquilonia entkommen waren. Im neunten Jahrhundert ließ sich eine Gruppe von Mönchen aus San Vincenzo al Volturno am Mollarino nieder und baute dort das Kirchlein San Mauro; kurz darauf fügten andere Mönche San Pietro und das Kloster San Valentino hinzu. Im Jahr 881 zerstörten die Sarazeneneinfälle alle drei Kirchen, die später wieder aufgebaut wurden; und am 20. März 1049 kam Papst Leo IX., um San Salvatore zu weihen: es war das erste Mal, dass ein Papst das Comino-Tal betrat.
Heute kennt man Villa Latina vor allem für ein Handwerk: hier baut man Zampogne und Pifferi, Dudelsäcke und Schalmeien, und im Ort gibt es ein Museum, das ihre Geschichte und die Techniken ihrer Herstellung sammelt. Der Rest ist die Geschichte eines Grenzortes zwischen Bergen. Die Grafen der Marser ließen zur Zeit des Burgenbaus die Häuser verlassen, um oben eine befestigte Siedlung zu errichten, die Rocca Malacucchiara: 1422 von den Anjou angegriffen und in den dreißiger Jahren des fünfzehnten Jahrhunderts vom Riccio di Montechiaro endgültig zerstört, wurde sie nie wieder aufgebaut, und die Bewohner flüchteten nach Atina, bis sich die Gemüter beruhigten. Im Zweiten Weltkrieg richteten die Deutschen, hinter der Front von Cassino gelegen, hier das SS-Hauptquartier des Tales ein und ließen dann alle evakuieren: der Ort wurde am 29. Mai 1944 vom Italienischen Befreiungskorps befreit. Am 7. Mai 1984 zerstörte ein Erdbeben einen Teil davon.