In römischer Zeit hieß dieser Ort Ad Statuas, wegen der Menge an Statuen, die die Gegend schmückten, und er lag an der Via Labicana, rund dreißig Kilometer von Rom. Hier stand eine Villa, die Sueton Julius Caesar zuschreibt und in der Caesar im September 45 v. Chr. sein Testament aufsetzte; und hier riefen am 28. September 306 die Prätorianer und das Volk Maxentius zum Kaiser aus, der sich in der kaiserlichen Villa aufhielt. Die 2010 begonnenen Grabungen haben die Villa, einen ausgedehnten Thermenbereich und eine Nekropole zutage gefördert. 1050 bauten die basilianischen Mönche von Grottaferrata zwischen jenen Ruinen eine Kirche zu Ehren des heiligen Caesarius von Terracina: ein Heiliger, gewählt, um den Caesar-Kult zu ersetzen und zu christianisieren, und von ihm kommt der Name des Ortes.
Der Ort, den man heute sieht, wurde jedoch im zwanzigsten Jahrhundert gebaut. Das Gut ging an die Ludovisi, die 1622 zu graben begannen, um die römischen Statuen wieder ans Licht zu holen, und dann an die Rospigliosi, die daraus einen Landwirtschaftsbetrieb machten, bearbeitet von Bauern aus Capranica Prenestina, die sich auf dem Colle Marcelli in einem Hüttendorf niedergelassen hatten. 1921 enteignete die Opera Nazionale Combattenti das Gut, und 1928 vollendete sie einen Ort für eben jene Kriegsteilnehmer. Die ersten Straßen wurden nach Helden des Ersten Weltkriegs benannt, und eine heißt via dei Cedri, nach den Libanonzedern, die Caesar eingeführt haben soll: die Zeder steht auch im Wappen. Eine eigenständige Gemeinde ist San Cesareo erst seit dem 11. April 1990.