Der Name kommt vom Bach, der durch den Ort fließt und dabei so dichtes Gehölz durchquert, dass er schwarz wirkt. Die ersten Bewohner kamen vielleicht aus der Valsassina, wie gleichlautende Flurnamen in beiden Tälern nahelegen; im Mittelalter machten sie sich als Köhler einen Namen, und ihre Holzkohle ging bis über die italienischen Grenzen hinaus. Als das obere Val Brembana im sechzehnten Jahrhundert an Venedig fiel, wurde Valnegra an die Spitze des Bezirks Oltre la Goggia gestellt, der alle Gemeinden des oberen Tals umfasste, und erhielt den Besuch des heiligen Karl Borromäus.
Gewendet hat sich das Glück wegen einer Straße: Die Via Priula durchquerte das Tal, ohne hier vorbeizukommen, und von da an begann die Abwanderung, die nie mehr aufgehört hat. Dennoch war der Ort der erste im Tal, der sich eine Schule baute, 1866. Im Jahr 1927 wurde er aufgelöst und mit Moio de' Calvi, Piazza Brembana und Lenna zur Gemeinde San Martino de' Calvi zusammengelegt und stand erst 1956 wieder für sich. Die Pfarrkirche San Michele aus der Mitte des fünfzehnten Jahrhunderts bewahrt Gemälde von Carlo Ceresa.
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Außerhalb von Valnegra, aber als Ausflug gut erreichbar.