Il nome viene dal torrente che attraversa il paese scorrendo in una boscaglia così fitta da farlo sembrare nero. I primi abitanti arrivarono forse dalla Valsassina, e lo suggeriscono certi toponimi identici nelle due valli; nel medioevo si fecero un nome come carbonai, e il loro carbone di legna usciva dai confini italiani. Quando l'alta Val Brembana passò a Venezia, nel Cinquecento, Valnegra fu messa a capo del distretto Oltre la Goggia, che comprendeva tutti i comuni dell'alta valle, e ricevette la visita di san Carlo Borromeo.
La fortuna si girò per colpa di una strada: la Via Priula attraversò la valle senza passare di qui, e da allora cominciò l'emigrazione, che non si è più fermata. Il paese però fu il primo della valle a costruirsi una scuola, nel 1866. Nel 1927 fu cancellato e messo con Moio de' Calvi, Piazza Brembana e Lenna nel comune di San Martino de' Calvi, e tornò da sé soltanto nel 1956. Nella parrocchiale di San Michele, di metà Quattrocento, si conservano dipinti di Carlo Ceresa.
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