Le nom vient du torrent qui traverse le village en coulant dans un bois si dense qu'il paraît noir. Les premiers habitants venaient peut-être de la Valsassina, comme le suggèrent des toponymes identiques dans les deux vallées; au Moyen Âge ils se firent un nom comme charbonniers, et leur charbon de bois passait les frontières italiennes. Quand la haute Val Brembana passa à Venise, au seizième siècle, Valnegra fut mise à la tête du district Oltre la Goggia, qui réunissait toutes les communes de la haute vallée, et reçut la visite de saint Charles Borromée.
La chance tourna à cause d'une route: la Via Priula traversa la vallée sans passer par ici, et l'émigration commença, qui ne s'est jamais arrêtée. Le village fut pourtant le premier de la vallée à se construire une école, en 1866. En 1927 il fut supprimé et réuni à Moio de' Calvi, Piazza Brembana et Lenna dans la commune de San Martino de' Calvi, et ne redevint seul qu'en 1956. L'église paroissiale de San Michele, du milieu du quinzième siècle, conserve des tableaux de Carlo Ceresa.
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