Im Jahr 1239 ging Kaiser Friedrich II., einige Monate lang Gast der Paduaner, genau hier auf die Jagd, und die Burg, welche die Dalesmanini in Noventa besaßen, war wahrscheinlich der Wohnsitz Isabellas, seiner Frau. Ein Jahrhundert später war der größte Grundbesitzer des Ortes Enrico Scrovegni, der Bankier jener Kapelle, die Giotto ausmalte: Er hatte die einst den Dalesmanini gehörenden Güter gekauft, und als er 1331 nach Venedig verbannt wurde, ging sein Lehen an den Venezianer Niccolò Foscari über. Der Name dagegen ist älter und bescheidener: Noventa erscheint in den Paduaner Urkunden ab 918 und scheint von Nova oder Novale zu kommen, also neu unter den Pflug genommenes Land — das den Sümpfen des Brenta abgerungene Land.
Auch hier hat der Fluss die Richtung gewechselt. Bis 1854, als der Taglio di San Vito gegraben wurde, floss der Brenta zwischen Ponte di Brenta und Stra entlang dem, was heute die Grenze zu Vigonza ist, hinter den Villen Valmarana und Todeschini; dann nahm er seinen heutigen Lauf. Der Hafen ist seit 1095 bezeugt, und über dem Piovego-Kanal, den die freie Kommune Padua zwischen 1209 und 1210 aushob, lag eine einbogige Brücke am Ende eines kleinen flaschenförmigen Beckens, in dem die bricole steckten, die Pfähle der venezianischen Lagune: Die Brücke mit den Schleusen, die man heute sieht, stammt von 1919, und von der alten, die außer Gebrauch kam und dann abgerissen wurde, erkennt man noch die Zugangsstufen am linken Ufer. Weil die Villen den Boden einnahmen, hat Noventa nie einen richtigen Ortskern gehabt.