Hier wurde der Fluss um die Stadt herum neu gemacht. Der Mincio, der Abfluss des Gardasees, tritt genau bei Peschiera aus, und der Bau der wassergürteten Mauerstadt hat seinen natürlichen Lauf verändert: Um die Verteidigung zu ermöglichen, wurden drei Abflussarme aus dem See angelegt, die sich südlich des Ortes wieder vereinen. Rom nannte sie Arilica, ein Name keltischen Ursprungs, und sie war ein Vicus; Plinius der Ältere berichtet vom Fischreichtum dort, wo das Wasser den See zum Fluss hin verlässt, und aus diesem Glück scheint auch das Wappen zu stammen, zwei silberne Aale mit einem goldenen Stern. Zwischen dem achten und dem neunten Jahrhundert wurde aus Arilica Peschiera, und in den langobardischen Urkunden erscheinen ein königlicher Fischereihof und die von König Rachis geschenkte grande pischaria. Der wichtigste Teil der Mauern wurde ab 1549 nach einem Entwurf Guidobaldo della Roveres, des Herzogs von Urbino, errichtet, mit Beiträgen auch von Michele Sammicheli und Anton Maria Lorgna: Seit dem 9. Juli 2017 gehört die Festung zum Welterbe der venezianischen Verteidigungswerke.
Eine Militärstadt zu sein hatte allerdings seinen Preis. Die militärischen Servituten, immer drückender, schnürten die Wirtschaft ein und lenkten sie in immer engere Bahnen: Davon zeugt eine Bittschrift von 1589. 1815 kam Peschiera mit dem Wiener Kongress an das Lombardo-Venetianische Königreich, zur Provinz Mantua, und trat in das Verteidigungssystem des Quadrilaterals ein; am 30. Mai 1848 wurde es von den Piemontesen erobert, italienisch aber erst 1866, mit dem Frieden von Prag, und über einen Dreiecksweg: Österreich trat Venetien an Frankreich ab, das es sogleich an Italien weitergab. Gerade die Verstärkung der Bastionen machte jedoch der Archäologie ein Geschenk: Ab 1851 kamen bei den Arbeiten an den Mauern die Pfahlbaudörfer des Sees ans Licht, mindestens sieben sind bekannt, und eine späte Phase der Bronzezeit trägt den Namen dieses Ortes. Die Fundstätten Belvedere und am Frassino-See gehören seit 2011 zum Welterbe.