Aquí el río se rehízo alrededor de la ciudad. El Mincio, emisario del lago de Garda, sale precisamente en Peschiera, y la construcción de la ciudad amurallada rodeada de agua cambió su curso natural: para permitir la defensa se abrieron tres brazos de salida del lago, que vuelven a juntarse al sur del caserío. Roma la llamaba Arilica, nombre de origen celta, y era un vicus; Plinio el Viejo cuenta la abundancia de la pesca allí donde el agua deja el lago hacia el río, y parece que de aquella fortuna viene también el escudo, dos anguilas de plata con una estrella de oro. Entre el siglo octavo y el noveno Arilica cambió su nombre por Peschiera, y en los documentos lombardos aparecen una corte regia de pesca y la grande pischaria donada por el rey Rachis. La parte más importante de las murallas se levantó a partir de 1549 según proyecto de Guidobaldo della Rovere, duque de Urbino, con aportaciones también de Michele Sammicheli y de Anton Maria Lorgna: desde el 9 de julio de 2017 la fortaleza es patrimonio de la humanidad entre las obras de defensa venecianas.
Ser ciudad militar tenía sin embargo un precio. Las servidumbres militares, cada vez más pesadas, estrangulaban la economía y la encauzaban hacia canales cada vez más estrechos: queda el testimonio de una súplica de 1589. En 1815, con el Congreso de Viena, Peschiera pasó al reino lombardo-véneto bajo la provincia de Mantua y entró en el sistema defensivo del Cuadrilátero; fue conquistada por los piamonteses el 30 de mayo de 1848, pero se hizo italiana solo en 1866, con el tratado de Praga, y por triangulación: Austria cedió el Véneto a Francia, que enseguida lo pasó a Italia. Justamente el refuerzo de los baluartes hizo, en cambio, un regalo a la arqueología: desde 1851, trabajando en las murallas, salieron a la luz los poblados palafíticos del lago, se reconocen al menos siete, y una fase reciente de la edad del bronce ha tomado el nombre de este lugar. Los yacimientos de Belvedere y del lago del Frassino son patrimonio de la humanidad desde 2011.