Il patrono di San Zeno Naviglio è san Zenone vescovo, festeggiato il 9 dicembre nella chiesa di San Zenone.
Dal 1982, nei primi giorni di settembre, si tiene il Palio delle Contrade, organizzato dall'Oratorio. Nella sagrestia della parrocchia si conserva una porzione ossea del diacono Cesario, incastonata in un reliquiario ad urna, in legno intagliato e dorato. Il paese conserva anche la Chiesa di Santa Maria Assunta.