Mattinata ist einer der jüngsten Orte des Gargano, und man sieht es daran, wie er entstand: aus Strohhütten. Die Hirten von Monte Sant'Angelo kamen zum Überwintern hier herunter, wo das Klima milder ist, und bauten sich die pagghiére, niedrige Hütten aus trocken geschichtetem Kalkstein, fast immer einräumig, mit Steinen in waagerechten Ringen, die sich nach oben verengen, dieselbe Technik wie bei den Trulli und den Nuraghen. Am Ende des achtzehnten Jahrhunderts waren aus diesen Saisonunterkünften Häuser geworden, und der Ort war da. Der alte Kern, im unteren Teil, heißt Junno und ist eine verkleinerte Fassung des Viertels Junno von Monte Sant'Angelo: Mattinata ist die Tochter jener Stadt, und auch der Dialekt sagt es. Palazzo Mantuano, 1840 begonnen und heute Gemeindebibliothek, ist das erste Gebäude von einigem Gewicht; die Straße nach Monte Sant'Angelo wurde erst um 1893 fertig; und eigenständige Gemeinde wurde Mattinata erst kurz nach 1950.
Der Name aber ist das Älteste, was es hier gibt. Ein paar Kilometer vom Zentrum entfernt, in der Flur Agnuli, teils unter Wasser, liegen die Reste von Matinum, der römischen Stadt, die in griechischer Zeit Apeneste hieß. Dort starb, so will es die Überlieferung, Archytas von Tarent, Philosoph, Mathematiker und Feldherr, als Schiffbrüchiger, und es ist Horaz, der an ihn in einer berühmten Ode erinnert: der Vermesser des Meeres, der Erde und des zahllosen Sandes, bedeckt von «wenigen Händen Staub nahe dem matinischen Strand». Über dem Ort, auf dem Monte Saraceno, liegt eine daunische Nekropole von etwa fünfhundert Gräbern, gegraben zwischen dem achten und dem vierten Jahrhundert vor Christus. Das Erdbeben des Gargano von 1893 richtete hier schwere Schäden an und forderte vier Tote. Heute lebt Mattinata vom Meer — weiße Steilküsten, Faraglioni, die Baia delle Zagare — und von einem Reichtum, den man nicht erwartet: in seinem Gebiet wachsen einundsechzig Orchideenarten, einige davon sonst nirgends.