Der Name ist Balneum Regis, das Bad des Königs, nach Thermalwassern, die hier nicht mehr fließen; die Legende sagt, König Desiderius sei durch sie von einer schweren Krankheit geheilt worden. Den etruskischen Namen des Ortes hingegen kennt man gar nicht: Ihn nahmen die Römer weg, mit jenen Auslöschungen, die sie an ihren mächtigen Nachbarn mehrfach wiederholten. Bagnoregio lag im Herrschaftsbereich von Volsinii und wuchs, als Rom nach der Zerstörung Volsiniis im Jahr 264 vor Christus dessen Bewohner in eine neue Stadt deportierte, nach Bolsena — womit Bagnoregio auf halbem Weg zwischen dieser und dem damals schiffbaren Tiber lag. Im Mittelalter hielten die Monaldeschi den Ort zu Lehen und machten es schlecht genug, um ihn zum Aufstand zu treiben: Der Aufstand gelang, und 1160 entstand die freie Kommune. Als es die Monaldeschi erneut versuchten und ab 1318 die Burg della Cervara bauten, erhob sich die Bevölkerung abermals und riss sie 1457 nieder.
Am zehnten Juni 1695 zerschnitt ein Erdbeben den Boden: Civita, das bis dahin das eigentliche Bagnorea war, blieb durch einen spektakulären Abgrund von den beiden Vierteln Mercato und Rota getrennt, und Rota, das die Weggehenden aus Civita aufnahm, wurde zum neuen Bagnorea — dem heutigen Bagnoregio. Nach Civita gelangt man heute nur zu Fuß, über eine 1965 erneuerte Brücke, und man nennt es die sterbende Stadt. Ihr bekanntester Sohn ist der heilige Bonaventura, der dort geboren wurde und den die Franziskaner als ihren zweiten Gründer anerkennen. Und am Karfreitag wird das Kruzifix der alten Kathedrale von Civita in Prozession hinunter nach Bagnoregio getragen und sogleich wieder hinaufgebracht: Die Legende sagt, bliebe es über Mitternacht, würde es Eigentum des Ortes unten.