Le nom est Balneum Regis, le bain du roi, d'après des eaux thermales qui ne coulent plus ici ; la légende dit que le roi Didier en fut guéri d'une grave maladie. Le nom étrusque du lieu, en revanche, on ne le connaît pas du tout : les Romains le lui ont enlevé, par ces effacements qu'ils répétèrent plus d'une fois contre leurs puissants voisins. Bagnoregio se trouvait dans le domaine de Volsinii, et elle grandit quand Rome, ayant détruit Volsinii en 264 avant Jésus-Christ, en déporta les habitants vers une ville nouvelle, Bolsena — laissant Bagnoregio à mi-chemin entre celle-ci et le Tibre, alors navigable. Au Moyen Âge, les Monaldeschi la tinrent en fief et s'y prirent assez mal pour la pousser à la révolte : la révolte réussit, et en 1160 naquit la commune libre. Quand les Monaldeschi recommencèrent, bâtissant à partir de 1318 le château de la Cervara, la population se souleva de nouveau et l'abattit en 1457.
Le dix juin 1695, un séisme trancha le terrain : Civita, qui jusque-là était la Bagnorea proprement dite, resta séparée par un précipice spectaculaire des deux quartiers de Mercato et de Rota, et Rota, qui accueillit ceux qui quittaient Civita, devint la nouvelle Bagnorea — l'actuelle Bagnoregio. On n'atteint plus Civita qu'à pied, par un pont refait en 1965, et on l'appelle la ville qui meurt. Son fils le plus connu est saint Bonaventure, qui y naquit et que les franciscains reconnaissent comme leur second fondateur. Et le vendredi saint, le crucifix de l'ancienne cathédrale de Civita est porté en procession jusqu'à Bagnoregio puis aussitôt remonté : la légende dit que s'il restait au-delà de minuit, il deviendrait propriété du bourg d'en bas.