El nombre es Balneum Regis, el baño del rey, por unas aguas termales que aquí ya no corren; la leyenda dice que el rey Desiderio se curó con ellas de una grave enfermedad. El nombre etrusco del lugar, en cambio, no se conoce en absoluto: se lo quitaron los romanos, con las cancelaciones que repitieron más de una vez sobre sus poderosos vecinos. Bagnoregio estaba en el dominio de Volsinii, y creció cuando Roma, destruida Volsinii en el 264 antes de Cristo, deportó a sus habitantes a un centro nuevo, Bolsena — dejando Bagnoregio a medio camino entre aquella y el Tíber, entonces navegable. En la Edad Media los Monaldeschi la tuvieron en feudo y lo hicieron lo bastante mal como para empujarla a la revuelta: la revuelta triunfó, y en 1160 nació el municipio libre. Cuando los Monaldeschi lo intentaron de nuevo, construyendo desde 1318 el castillo de la Cervara, la población se levantó otra vez y en 1457 lo derribó.
El diez de junio de 1695 un terremoto cortó el terreno: Civita, que hasta entonces era la Bagnorea propiamente dicha, quedó separada por un despeñadero espectacular de los dos barrios de Mercato y Rota, y Rota, que acogió a quienes dejaban Civita, se convirtió en la nueva Bagnorea — la actual Bagnoregio. A Civita hoy se llega solo a pie, por un puente rehecho en 1965, y la llaman la ciudad que muere. Su hijo más conocido es san Buenaventura, que nació allí y a quien los franciscanos reconocen como su segundo fundador. Y el Viernes Santo el crucifijo de la antigua catedral de Civita se lleva en procesión abajo, a Bagnoregio, y en seguida se vuelve a subir: la leyenda dice que si se quedara pasada la medianoche, pasaría a ser propiedad del pueblo de abajo.