Il nome è Balneum Regis, il bagno del re, da acque termali che qui non scorrono più; la leggenda dice che il re Desiderio ne fu guarito da una grave malattia. Il nome etrusco del posto, invece, non si conosce affatto: glielo tolsero i romani, con le cancellazioni che ripeterono più volte sui potenti vicini. Bagnoregio stava nel dominio di Volsinii, e crebbe quando Roma, distrutta Volsinii nel 264 avanti Cristo, ne deportò gli abitanti in un centro nuovo, Bolsena — lasciando Bagnoregio a metà strada fra quella e il Tevere, allora navigabile. Nel Medioevo i Monaldeschi la tennero in feudo e lo fecero abbastanza male da spingerla alla rivolta: la rivolta riuscì, e nel 1160 nacque il libero comune. Quando i Monaldeschi ci riprovarono, costruendo dal 1318 il castello della Cervara, la popolazione si sollevò di nuovo e nel 1457 lo abbatté.
Il dieci giugno 1695 un terremoto tagliò il terreno: Civita, che fino ad allora era la Bagnorea vera e propria, restò separata da un dirupo spettacolare dalle due contrade di Mercato e Rota, e Rota, che accolse chi lasciava Civita, divenne la nuova Bagnorea — l'attuale Bagnoregio. A Civita oggi si arriva solo a piedi, su un ponte rifatto nel 1965, e la chiamano la città che muore. Il suo figlio più noto è san Bonaventura, che vi nacque e che i francescani riconoscono come loro secondo fondatore. E il Venerdì santo il crocifisso dell'antica cattedrale di Civita viene portato in processione giù a Bagnoregio e subito riportato su: la leggenda dice che, se restasse oltre la mezzanotte, diventerebbe proprietà del paese di sotto.