Schutzpatronin von Santo Stefano Quisquina ist die heilige Rosalia, gefeiert am Dienstag nach dem ersten Sonntag im Juni, mit der ihr geweihten Einsiedelei auf der Quisquina. Mit bischöflichem Dekret vom 19. November 2017 erklärte Kardinal Francesco Montenegro, Erzbischof von Agrigent, auch den seligen Giacinto Giordano Ansalone, im Orden Giordano da Santo Stefano genannt, zum zweiten Patron der Stadt: Der am 1. November 1598 im Ort geborene Dominikanermönch predigte das Evangelium in Mexiko, auf den Philippinen und in Japan, wo er am 17. November 1634 in Nagasaki als Märtyrer starb.
Die Hauptkirche des Ortes, ein wahres Juwel der sakralen Architektur Santo Stefanos, wurde um 1580 erbaut und mit feinen Stuckarbeiten im Gewölbe des Presbyteriums sowie dem marmornen Hochaltar von 1760 geschmückt, dessen Altarfront die fünf Wundmale Christi in ebenso vielen Stücken roten Marmors darstellt. Zu den liturgischen Festen des Ortes zählt jenes des heiligen Josef am 19. März, bei dem die typischen Altäre errichtet und der Heilige in Prozession durch die Straßen des Ortes getragen wird.
