La patrona di Santo Stefano Quisquina è santa Rosalia, festeggiata il martedì successivo alla prima domenica di giugno, con l'eremo a lei dedicato sulla Quisquina. Con decreto vescovile del 19 novembre 2017, il cardinale Francesco Montenegro, arcivescovo metropolita di Agrigento, ha dichiarato patrono secondario della città anche san Giacinto Giordano Ansalone, al secolo Giordano da Santo Stefano: nato in paese il 1º novembre 1598, il frate domenicano predicò il Vangelo in Messico, nelle Filippine e in Giappone, dove fu martirizzato a Nagasaki il 17 novembre 1634.
La chiesa Madre del paese, vero gioiello dell'architettura sacra stefanese, fu costruita intorno al 1580 e impreziosita da pregevoli stucchi nella volta del presbiterio e dal marmoreo altare maggiore del 1760, il cui paliotto raffigura le cinque piaghe di Cristo in altrettanti pezzetti di marmo rosso. Fra le feste liturgiche del paese, quella di san Giuseppe, il 19 marzo, prevede la realizzazione dei tipici altari e la processione del santo per le vie del paese.
