Schutzpatron von Empoli ist der heilige Apostel Andreas, gefeiert am 30. November. Die Stadt entstand im 12. Jahrhundert eben um die Pfarrkirche Sant'Andrea und eine nahe Burg herum: Eine erste dem Heiligen geweihte Kirche dürfte bereits im 5. Jahrhundert bestanden haben, erwähnt in einem inzwischen verlorenen Dokument aus dem Jahr 840 sowie in einer Bulle Papst Nikolaus' II. von 1059, die dem Propst und dem Kapitel der Stiftskirche von Empoli die Abgaben und Einkünfte des Umlands zusprach und sie damit der weltlichen Gerichtsbarkeit der Grafen Guidi und Alberti entzog.
Im 11. Jahrhundert wiederaufgebaut, beherrscht die Stiftskirche Sant'Andrea bis heute mit ihrer Fassade die Piazza Farinata degli Uberti, von den Bewohnern Empolis wegen des mit Löwen geschmückten Brunnens in der Mitte Piazza dei Leoni genannt; daneben stehen der historische Palazzo Pretorio und gegenüber der Palazzo Ghibellino, mit einem den Platz umgebenden Portikus in einer für toskanische Städte ungewöhnlichen Anordnung. Im Inneren der Stiftskirche, auf dem Hochaltar von 1785, befindet sich ein Triptychon des 14. Jahrhunderts von Lorenzo di Bicci, das die thronende Madonna zwischen den Heiligen Martin, Andreas, Agatha und Johannes dem Täufer zeigt. Von 1397 bis 1860 feierte die Stadt am Fronleichnamsfest jahrhundertelang den seltsamen „Volo del Ciuco“ (Eselsflug), bei dem ein Esel auf die Spitze des Glockenturms der Stiftskirche gehievt wurde und an einem Seil hinunterglitt, bis er gegen den Palazzo Ghibellino prallte, eine Tradition, die seit 2008 mit einem falschen Esel nachgestellt wird.