Pendant quatre siècles cette commune s'est appelée Lezzeno superiore, du «locus et fundus Leuzolo» qui apparaît dans des actes de 998 et 1035. Puis, vers la deuxième décennie du seizième siècle, une crue de la rivière de Verceia ensevelit l'ancien Leuzolo, et le nom passa à un autre hameau : cette «villa quae dicitur villa nova» que l'évêque Alberico avait ajoutée au domaine vers 1010, et qu'on appelle aujourd'hui Novate.
La commune était divisée en cinq cantons — Novate, Codera, Cola con San Giorgio, Campo et Verceia — et chacun, avec son propre conseil, administrait seul son économie ; les curés étaient élus par les cantons, et l'évêque de Côme ne donnait son accord qu'ensuite. À la vieille auberge dell'Angelo, en revanche, le 25 juillet 1793 les Autrichiens capturèrent deux ambassadeurs français, Sémonville et Maret : ils passèrent vingt-neuf mois en captivité et furent libérés en échange de Marie-Thérèse Charlotte de Bourbon, la fille de Louis XVI.
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