La prima menzione è dell'814: il casale di Agello, possesso dell'abbazia di Farfa, e il documento fa il nome della proprietaria — una monaca di nome Elena, che lo aveva donato al monastero e se lo riprende come possedimento a livello. Nel 971 Agello è indicato come villa, sempre di Farfa, concesso a pezzi coltivabili ai vassalli locali; nel 1280 compare fra i possedimenti del conte di Celano. Il borgo fortificato prese forma nel Trecento, dall'unione di nove casali: Bovezzo, Musciano, Monte, Ozzanello, Alafrano, Subezzano, Ponderone, Pentòma e Foce. La chiesa della Santissima Trinità è del 1362, voluta da un conte dei Marsi. Aielli Alto sta a più di mille metri su uno sperone calcareo, è uno dei centri più elevati della Marsica, e lo chiamano il balcone della Marsica.
Il terremoto del 1915 uccise qui duecentocinque persone e sfasciò il paese. Fu ricostruito in buona parte più in basso, vicino alla stazione ferroviaria, sul sito di Alafrano — uno dei nove casali che avevano fatto il paese vecchio. Ci fu il tentativo di spostare giù anche la sede municipale; gli abitanti di Aielli Alto si rivoltarono, e il municipio restò dov'era. Nel paese nuovo fu costruita una chiesa razionalista, inaugurata dal prefetto nel 1937 insieme al sacrario vicino: la musica dell'inaugurazione la scrisse monsignor Lorenzo Perosi, le ceramiche e le vetrate sono di Tito Chini, le statue di Arturo Dazzi. E nel paese vecchio la torre medievale è oggi un osservatorio astronomico aperto a tutti.