Il comune è fatto di due borghi che per secoli sono stati separati. Baia deriverebbe da vaiarulo, che anticamente si pronunciava «vaìa»; Latina viene invece da Tina, parola alla quale col tempo si è attaccato l'articolo — 'a Tina, e poi Latina. Nello stemma ci sono due lettere elle, trovate scolpite decenni addietro su una lapide mutila, che alcuni leggono come una Latina Legio, una legione romana accampata qui: un'ipotesi intera appesa a due lettere e a una pietra rotta. Il nome compare in un documento nel 979. Il comune sposato, però, è di fattura francese: la legge del quattro maggio 1811 riunì i due borghi che la riforma del 1806 teneva ancora distinti, e li inserì nel circondario di Formicola. Ne seguì la protesta del sindaco e dei cittadini, per la totale assenza di strade con cui raggiungere il capoluogo di circondario; ci vollero anni, ma Ferdinando II cedette e con decreto del sei giugno 1832 spostò il comune nel circondario di Pietramelara.
Nel 1858 i cittadini di Latina chiesero ufficialmente la separazione da Baia, perché quest'ultima — sono parole loro — «dispotizza sulle rendite comunali senza avere affatto cura degli interessi del comune aggregato». Dopo un iter burocratico controverso la richiesta fu respinta, ma le autorità del circondario approvarono una proposta di conciliazione che stabilisse pari attenzioni, doveri e diritti per i due borghi. A dividerli di nuovo, per pochi giorni, fu la guerra: sotto l'occupazione tedesca Baia ospitò il comando locale in palazzo Borelli e Latina l'ospedale da campo in palazzo Pieretti, e il diciannove ottobre 1943 l'aviazione americana bombardò entrambi i paesi, distruggendoli in gran parte e radendo al suolo la parrocchiale di Santo Stefano, che i tedeschi avevano trasformato in deposito di munizioni. Lo stesso giorno gli americani entrarono a Latina; per entrare a Baia, distante quattro chilometri, ci misero altri tre giorni.
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