Il patrono di Borghetto di Vara è san Carlo Borromeo, festeggiato il 4 novembre. La chiesa arcipretale a lui dedicata fu edificata fra il 1615 e il 1618, in una zona centrale del paese un tempo detta Sogiora, oggi Piazza Umberto I, in occasione dello smembramento del territorio di Borghetto dalla parrocchia di Ripalta: la scelta del santo patrono avvenne con un metodo curioso, accendendo molte candele, ognuna corrispondente a un determinato santo, e assegnando il patronato a quella che sarebbe rimasta accesa più a lungo, che fu appunto quella di san Carlo Borromeo. La prima messa fu officiata solennemente l'8 ottobre 1618, e l'anno successivo la chiesa fu eretta a parrocchia.
Nel 1943, durante la seconda guerra mondiale, i sotterranei della chiesa custodirono temporaneamente circa 35.000 volumi della Biblioteca «U. Mazzini» della Spezia: l'anno successivo un violento bombardamento aereo alleato distrusse la chiesa seicentesca insieme ai volumi, lasciando in piedi solo il campanile, che ancora oggi svetta sul borgo. La parrocchia trovò poi sede nella nuova chiesa del Sacro Cuore di Gesù, costruita lungo la via Aurelia fra il 1926 e il 1937. Il paese conserva anche la chiesa di San Michele Arcangelo, nella frazione di Cassana, che custodisce un trittico del 1555 attribuito al pittore Nicolò Vespesiano.
