Monte San Giusto è quello che è diventato quando un suo figlio fece carriera. Niccolò Bonafede, nato qui, fu eletto vescovo di Chiusi, e del paese natale fece una corte rinascimentale. Il palazzo fortezza che porta il suo nome lo cominciò all'inizio del Cinquecento: il portale d'ingresso è del 1524, opera dello scalpellino anconetano Franco Pesimoti; il corpo centrale, su una base a piramide, con la facciata di mattoni, le cornici di pietra e le finestre a croce guelfa, è ispirato al palazzo Venezia di Roma, mentre il cortile è ispirato a quello del palazzo ducale di Urbino. Dentro, al piano terra, c'è una camera dipinta che chiamano la stanza del Vescovo, e al piano nobile una fascia affrescata con i Trionfi di Niccolò Bonafede, attribuita a un pittore spagnolo, Johannes Hispanus: sono i frammenti di una decorazione molto più grande. Oggi il palazzo è il municipio, e nella sala consiliare c'è un quadro ottocentesco che raffigura Bonafede mentre esamina il progetto del palazzo.
Nel 1504 papa Giulio II lo nominò pievano di Santa Maria della Pietà in Telusiano, una chiesa di origine romanica poco fuori dal paese, e anche lì Bonafede mise mano: fece rialzare il soffitto, chiuse le vecchie finestrelle ad arco e ne aprì altre per avere luce, e fece affiggere il proprio stemma sul portale di pietra. Poi commissionò a Lorenzo Lotto la Crocifissione, finita nel 1531, che è l'opera più importante del paese e sta ancora lì. La sua pietra tombale, invece, è andata perduta nel restauro del 1921. Nella collegiata di Santo Stefano si conserva una Vergine Incoronata di legno, esposta per la prima volta a metà Ottocento e proclamata patrona nel 1855 per avere preservato il paese dalla pestilenza; e oggi Monte San Giusto vive di pelletteria e calzature, un mestiere che qui c'è dalla fine dell'Ottocento.