Il patrono di San Giovanni Gemini è san Giovanni Battista, festeggiato il 24 giugno, con la chiesa madre a lui dedicata. Il territorio comunale, un'enclave interamente circondata dal comune di Cammarata, ha origine nel 1451, quando Federico Abatellis, conte di Cammarata, ottenne dal re Ferdinando il privilegio di edificare nei propri feudi; nel 1507 fu concessa la licentia populandi, che i conti esercitarono in un luogo pianeggiante vicino a Cammarata, al di là del fiume Turibolo.
Secondo una spiegazione tramandata da padre La Pilusa, l'origine del paese sarebbe legata a una frana avvenuta attorno al 1537, quando un terremoto fece franare la collina su cui sorgeva il castello di Cammarata: il castello fu riparato, ma le abitazioni sul ciglio della rupe crollarono, e le famiglie che subirono le perdite peggiori avrebbero ottenuto dal conte il permesso di costruire sul piano di San Giovanni. Il paese ospita anche la storica Festa di Gesù Nazareno, che si tiene la seconda domenica di giugno attorno al Carro Trionfale.
