Schutzpatron von Molfetta ist der heilige Konrad von Bayern, gefeiert am 9. Februar: Er war einer der vielen Pilger, die auf dem Weg ins Heilige Land in der Stadt Rast machten, die mit einem Kreuzfahrerhospital nahe der Basilika der Madonna dei Martiri ausgestattet war, um jene aufzunehmen, die nach Jerusalem unterwegs waren. Konrad beschloss, in Molfetta zu bleiben, und wurde später ihr Schutzpatron. Seine Gebeine werden, in einer silbernen und goldenen Büste neapolitanischer Schule, im großen, der Himmelfahrt geweihten Dom aufbewahrt, einem ehemaligen Jesuitenkloster gleich außerhalb der Stadtmauern, das auch ein großes Gemälde des berühmten, in Molfetta geborenen Malers des 18. Jahrhunderts Corrado Giaquinto bewahrt, nach dem die Metropolitan-Gemäldegalerie von Bari benannt ist.
Mitpatronin der Stadt ist die Madonna dei Martiri, verehrt in der gleichnamigen Basilika etwa zwei Kilometer vom Zentrum entfernt, in Richtung Bisceglie: Die heutige Kirche steht teilweise auf einem Gebäude aus dem 11. Jahrhundert, von dem eine Kuppel und die darunterliegende Struktur erhalten sind, wo heute der Altar steht, während an einer Seite noch das Ospedaletto dei Crociati sichtbar ist, gleichaltrig mit der alten Kirche. Bereits seit der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts haben die Seeleute von Molfetta die Madonna dei Martiri zu ihrer Schutzpatronin erwählt: Am 8. September 1846 wurde die Marienstatue, ein Werk des neapolitanischen Bildhauers Giuseppe Verzella, auf zwei Segelboote gesetzt und bis zur Kaimauer des alten Seminars neben dem alten Dom gebracht.
