Il patrono di Molfetta è san Corrado di Baviera, festeggiato il 9 febbraio: fu uno dei tanti pellegrini che, diretti verso la Terrasanta, sostavano nella città, dotata di un ospedale dei crociati costruito nei pressi della basilica della Madonna dei Martiri per accogliere chi era in viaggio verso Gerusalemme. Corrado scelse di rimanere a Molfetta, divenendone in seguito il santo patrono. Le sue ossa sono custodite, con un busto in argento e oro di scuola napoletana, nella grandiosa cattedrale intitolata all'Assunta, ex convento dei gesuiti appena fuori le mura cittadine, che conserva anche un grande quadro del celebre pittore molfettese del Settecento Corrado Giaquinto, a cui è intitolata la Pinacoteca metropolitana di Bari.
Compatrona cittadina è la Madonna dei Martiri, venerata nell'omonima basilica a circa due chilometri dal centro, in direzione di Bisceglie: la chiesa attuale insiste parzialmente su un edificio dell'XI secolo, di cui restano una cupola e la struttura sottostante dove oggi sorge l'altare, mentre su un fianco è ancora visibile l'Ospedaletto dei Crociati, coevo alla chiesa antica. Fin dalla prima metà dell'Ottocento i marinai molfettesi hanno eletto la Madonna dei Martiri a loro protettrice: l'8 settembre 1846 la statua della Vergine, opera dello scultore napoletano Giuseppe Verzella, fu posta su due bilancelle a vela e trasportata fino alla banchina dell'antico Seminario, accanto al Duomo vecchio.
