El patrono de Molfetta es san Conrado de Baviera, festejado el 9 de febrero: fue uno de los numerosos peregrinos que, camino a Tierra Santa, hacían escala en la ciudad, dotada de un hospital de cruzados construido cerca de la basílica de la Madonna dei Martiri para acoger a quienes viajaban hacia Jerusalén. Conrado eligió quedarse en Molfetta, de la que más tarde se convirtió en santo patrono. Sus huesos se custodian, en un busto de plata y oro de escuela napolitana, en la grandiosa catedral dedicada a la Asunción, antiguo convento jesuita justo fuera de las murallas de la ciudad, que conserva también un gran cuadro del célebre pintor molfettés del siglo XVIII Corrado Giaquinto, a quien está dedicada la Pinacoteca metropolitana de Bari.
Copatrona de la ciudad es la Madonna dei Martiri, venerada en la basílica homónima a unos dos kilómetros del centro, en dirección a Bisceglie: la iglesia actual se asienta en parte sobre un edificio del siglo XI, del que quedan una cúpula y la estructura subyacente donde hoy se alza el altar, mientras que en un lateral todavía es visible el Ospedaletto dei Crociati, coetáneo de la iglesia antigua. Desde la primera mitad del siglo XIX los marineros molfetteses han elegido a la Madonna dei Martiri como su protectora: el 8 de septiembre de 1846 la estatua de la Virgen, obra del escultor napolitano Giuseppe Verzella, fue colocada sobre dos barcas de vela y trasladada hasta el muelle del antiguo Seminario, junto al Duomo viejo.
